În anul 1911 au funcţionat în Bucureşti două Şcoli de piloţi, unde au fost brevetaţi primii piloţi militari: slt. Stefan Protopopescu, slt. Gh. Negrescu, slt. Mircea Zorileanu şi slt. Nicolae Capşa. Metodele de invaţare erau dintre cele mai moderne, avand in vedere ca primii piloţi români au invaţat să zboare pe avioanele de şcoala construite în atelierele de la Chitila. Avioanele erau de tip monoloc, elevii piloţi trebuind să zboare singuri, fără să fie îndrumaţi în aer de către instructori.
La 1 aprilie 1912 a luat fiinţa prima Şcoală militară de pilotaj sub conducerea maiorului Ion Macri, fiind cea de-a doua şcoală de aviaţie din lume după cea din Marea Britanie. Cea de-a doua, „Şcoala de Piloţi Militari şi Civili”, a fost infiinţată la 1 august 1912, pe aerodromul Băneasa, de către Valentin Bibescu. Ambele şcoli militare au avut o activitate fructuoasă, reuşind să pregatească şi să breveteze circa 100 de piloţi militari, numai in perioada 1912-1918.
În timpul primului război mondial, Şcoala militară de aviaţie a fost evacuată pentru scurt timp la Tecuci, apoi la Bîrlad, Botoşani şi Odessa.
În perioada interbelică la Cotroceni a funcţionat Şcoala pregatitoare de ofiţeri naviganţi, la Tecuci a luat fiinţă Şcoala militara de pilotaj şi antrenament, iar in Buzău Şcoala de perfecţionare pentru piloţi de război, având sarcina continuarii pregatirii în zbor a absolvenţilor şcolilor de la Cotroceni şi Tecuci. Durata şcolii a fost de 2 ani, iar din anul şcolar 1930-1931 s-a mărit la 3 ani, in scopul asigurarii unei pregatiri superioare, la nivelul tehnicii de aviaţie care se moderniza şi a exigenţelor întrebuinţării în luptă a acesteia. Zborul de instrucţie începea, într-o primă fază, pe avionul Morane-109 şi continua pe avioane de vânatoare de tipul Focket D-111, Spad-61 sau pe avioane de recunoaştere de tipul Potez-15(25). La Constanţa a funcţionat Şcoala de tir şi bombardament.
In 1940 şcolile militare de aviaţie de la Tecuci şi Buzău au fost mutate pe aerodromul Ziliştea-Boboc, terenul de zbor aflându-se pe pămanturile lui Alexandru Marghiloman, cedate în folosul aeronauticii şi aviatorilor decoraţi cu ordinul „Virtutea Aeronautică”.
Intrarea României în războiul de reîntregire naţională la 22 iunie 1941, aduce aviatorilor de pe aerodromul Ziliştea onoarea de a intra primii in luptă într-o misiune de bombardament asupra nordului şi sudului Chişnăului.
După cel de-al II-lea război mondial, în conformitate cu condiţiile impuse de Comisia Aliată de Control Şcolile militare de aviaţie au fost desfiinţate.
După 1948 învaţămantul militar de aviaţie a început să se reorganizeze in garnizoanele Sibiu, Mediaş şi Tecuci.
În 1953 Scoala militară de aviaţie nr.1 de la Tecuci a primit numele de Şcoala de Ofiţeri de Aviaţie „Aurel Vlaicu”, iar în 1958 şi-a mutat sediul pe aerodromul Boboc-Buzău, devenind şcoală superioară de ofiţeri cu durata de 4 ani unde se pregăteau atât piloţi militari cât şi piloţi pentru aviaţia civilă, personal navigant şi nenavigant.
Revoluţia din decembrie 1989 a deschis instituţiei noi perspective. În 1991 Şcoala de Ofiţeri de Aviaţie „Aurel Vlaicu” s-a transformat în Institutul Militar de Aviaţie „Aurel Vlaicu”.
Începând cu 1997 Institutul Militar de Aviaţie „Aurel Vlaicu” s-a transformat în Şcoala de Aplicaţie pentru Aviaţie „Aurel Vlaicu”. Sarcinile de formare a viitoarelor cadre de aviaţie din punct de vedere teoretic au fost preluate de Academia Forţelor Aeriene „Henri Coandă” din Braşov.
La 1 august 2003, ca urmare a procesului de transformare şi redimensionare din cadrul Forţelor Aeriene, Şcoala de Aplicaţie pentru Aviaţie îşi schimbă denumirea in Şcoala de Aplicaţie pentru Forţele Aeriene şi reuneşte cele trei categorii de arme specifice Forţelor Aeriene: aviaţie, artilerie şi rachete sol-aer şi radiolocaţie.
În anul 2007 au fost finalizate două proiecte importante, constând în procesul de modernizare a infrastructurii pistei de decolare şi punerea in funcţiune a simulatorului de zbor al avionului IAR – 99 SOIM.
La 1 septembrie 2008 pentru eficientizarea procesului de instruire, Şcoala de Aplicaţie pentru Forţele Aeriene s-a reorganizat, înfiinţându-se Centrul de Instruire pentru Forţele Aeriene.
In perioada 15-17 iunie 2010 Şcoala de Aplicaţie pentru Forţele Aeriene a sărbătorit reuşita inginerului aviator Aurel Vlaicu, patronul spiritual al şcolii, printr-o suită de manifestări ştiinţifice şi culturale. Cu această ocazie drapelul de luptă al Şcolii de Aplicaţie pentru Forţele Aeriene „Aurel Vlaicu ” a fost decorat, prin Decretul nr. 528 din 14.06.2010, semnat de domnul Traian Băsescu , preşedintele României şi ministrul apărării naţionale, domnul Gabriel Oprea, cu Ordinul „Virtutea Aeronautică ” in grad de „Ofiţer „.